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一場爭奪哥吉拉細胞的恐怖攻擊，帶走了白神博士女兒英理加的性命。數年後，他為延續女兒的靈魂，將其細胞注入在英理加生前摯愛的玫瑰中。從火山底甦醒的哥吉拉在各地引發地震，進而壓垮了博士珍愛的玫瑰，促使他決心加入對抗怪獸的作戰計畫。透過科學實驗，白神博士將哥吉拉細胞注入玫瑰中，期盼能藉此喚回愛女，不料卻孵化了植物巨怪碧奧蘭蒂。...

1995年時（即首部曲：卡美拉1時的東京），比良坂綾奈一家人因為加歐斯來襲而準備離開東京，此時卡美拉受到加歐斯的攻擊而墜落，但在起身時卻破壞了綾奈的家，綾奈的父母來不及逃出因而喪生。目睹這一切的綾奈，認為是卡美拉殺死了她的家人，從此開始憎恨卡美拉.... 1999年，長峰博士在赤道附近的調查發現了加歐斯的變異種，同一時間前後，也有科學家在日本西南方的深海中發現了大量卡美拉枯骨遺留下的一處神秘地點。 父母喪生後，借住在鄉下親戚家的綾奈飽受同學欺負，有一天綾奈被霸凌者叫到供奉一個東西叫做"柳星張"...

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