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沖繩的安豆味王族有個古老傳說：「當天空浮現黑色的山，將有怪獸毀滅世界，但當紅色的月亮浮出，太陽從西邊升起時，將出現兩隻怪獸拯救世界。」真哥吉拉的現身拆穿了於富士山上肆虐的假哥吉拉。假哥吉拉竟是外星人藏匿於沖繩地底、以宇宙鈦金屬製造的機械哥吉拉。眾人若要拯救世界，必須喚醒沈睡中的沖繩西薩王，與哥吉拉並肩作戰！...

卡美拉與加歐斯決戰後的冬天，北海道降下流星雨，同時一顆隕石墜落在支笏湖南西方約一公里處，陸上自衛隊第11師團隨即派出化學防護小隊，渡良瀬佑介二佐與花谷陸尉深入調查發現隕石似乎帶來了某種不明物體。 五天後，事件的原兇開始現身，札幌市地下鐵的電車在隧道內遭到不明生物攻擊，北海道札幌市的薄野出現巨大植物，巨大植物竄出一群體長3m，類似昆蟲的甲殼類生物。 怪蟲(Legion)與植物是與隕石一起飛來的地球外物體，兩者屬於共生關係，Legion會藉由啃食矽酮並分泌氧氣來製造植物(草體)，並藉由爆炸散佈種子...

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1995年時（即首部曲：卡美拉1時的東京），比良坂綾奈一家人因為加歐斯來襲而準備離開東京，此時卡美拉受到加歐斯的攻擊而墜落，但在起身時卻破壞了綾奈的家，綾奈的父母來不及逃出因而喪生。目睹這一切的綾奈，認為是卡美拉殺死了她的家人，從此開始憎恨卡美拉.... 1999年，長峰博士在赤道附近的調查發現了加歐斯的變異種，同一時間前後，也有科學家在日本西南方的深海中發現了大量卡美拉枯骨遺留下的一處神秘地點。 父母喪生後，借住在鄉下親戚家的綾奈飽受同學欺負，有一天綾奈被霸凌者叫到供奉一個東西叫做"柳星張"...

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