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某日，一位名叫「檸檬」的謎樣少女出現在小新面前，她帶來了動感超人的訊息要給小新，內容主要是希望小新能夠加入正義的一方而成為「檸檬」的搭檔，目標是要找到「方舟畢博士」，幫助動感超人奪回遺失的動感能量膠囊。 非常景仰動感超人的小新當然很爽快地接下這項任務，並且開始接受特訓。經過嚴格訓練的小新順利地潛入研究室，但是，博士卻警告他已經落入陷阱…。然而，小新當然不相信動感超人會欺騙他，毅然決然地將膠囊帶走，…沒想到，在這項看似成功的任務背後，將引來一場大災難的降臨！ 到底這項任務隱藏著怎樣的危機？而小...

與亞樹子新婚的龍在某天晚上看見了謎之摻雜體部隊對盜竊慣犯們的屠殺場面。風都警察局派遣相模警官、大野警官等人與龍所在的超常犯罪捜査課就此事進行調查。在任務中，龍遇見了在屠殺中生存的慣偷葛木葵。 抓獲逃走的葵後，龍遭遇之前的摻雜體部隊襲擊。因為葵把Accel Memory偷走了，龍只能不變身就此迎戰。但之後中了指揮官摻雜體的陷阱，被誤以為槍擊了同僚刃野警官，龍只能與葵一同逃走。 另一方面，得知龍與其他女性一同逃走後，憤怒的亞樹子帶著離婚申請書開始追趕龍。 指揮官摻雜體的目的究竟是……...

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